Boyabat; geçmişi yaklaşık M.Ö. 3000 yılına (Tunç Çağı) dayanan bir yerleşim merkezidir. Ayasofya Kütüphanesi’ndeki Batlamyos’un Coğrafya haritasında Germanikopolis şehri, bugünkü Boyabat Kalesi’nin yeri olarak gösterilmiştir.

Boyabat’ın ilk defa Türklerin eline geçmesi 1071 Malazgirt Savaşı’ndan sonra olmuştur. Osmanlı İmparatorluğu’nun himayesine girmesi ise Fatih Sultan Mehmet’in Trabzon Rum İmparatorluğunu teslim almasıyla gerçekleşmiştir. 1924 yılında il olan Sinop’a bağlanarak Şehrin en büyük ilçesi konumuna gelmiştir. 

Boyabat ismi, BOY ve ABAT kelimelerinin birleşmesinden meydan gelmiştir. Boy, uzunluk anlamına Abat ise ova anlamına gelmektedir. Bu iki kelime bir araya gelerek “Uzunova” anlamına gelen BOYABAT halini almıştır. 

Kurulduğundan bu zamana kadar Boyabat, sırası ile şu yönetimler altında bulunmuştur.
1.    Gaşgaşlar                   : M.Ö. 1400 - 1300
2.    Hititler                        : M.Ö. 1330 – 1200
3.    Paflagonyalılar          : M.Ö. 1100 – 700
4.    Lidyalılar                    : M.Ö. 700 - 546
5.    İranlılar                      : M.Ö. 362
6.    Pontuslar                   : M.Ö. 183 – 64
7.    Romalılar                   : M.Ö. 64 – M.S. 365
8.    Bizanslılar                  : M.S. 395 – 1126

Boyabat 1 Mayıs 2005 tarihinde ( Muğla-Milas Buluşması ) Tarihi Kentler Birliği’ne üye olmuştur.